پیشتر در اول خرداد ماه سال 90 مامورین امنیتی طی یورشی گسترده و تقریبا همزمان، به منازل 39 تن از بهاییان مرتبط با دانشگاه علمی یورش بردند و 16 نفر را دستگیر کردند؛ شاهین نگاری نیز به عنوان یکی از اساتید این دانشگاه بازداشت شد. و پس از 40 روز بازجویی و زندان به قید وثیقه آزاد گردید. در دادگاه، قاضی پرونده 4 سال حکم به جرم همکاری با دانشگاه علمی بهاییان را برای وی صادر کرد. شاهین نگاری دارای دو فرزند خردسال می باشد.
در حال حاضر 10 تن از مسئولین یا مرتبطین با این دانشگاه در زندانهای رجایی شهر و اوین به سر می برند و هر یک به تحمل 4 تا 5 سال حبس محکوم شده اند و با ورود شاهین نگاری، عده آنها به 11 نفر می رسد. کامران مرتضایی، رامین زیبایی، محمود بادوام، فرهاد صدقی، عزیز سمندری، ریاض الله سبحانی، کامران رحیمیان و کیوان رحیمیان در زندان رجایی شهر و نوشین خادم و فاران حسامی (رحیمیان) نیز در زندان اوین در حال گذراندن دوران محکومیت خویش هستند.
جوانان بهایی ایران و اساتید بهایی پس از انقلاب فرهنگی 1359 همگی از سراسر دانشگاههای ایران اخراج شدند و زان پس نیز از ورود جوانان بهایی به دانشگاهها جلوگیری شد. دانشگاه علمی در واقع جبرانی برای این محرومیت جوانان بهایی است که توسط خود اساتید اخراجی و حمایت جامعه بهایی ایران راه اندازی شد و مسیر رشد و بالندگی خود را پیمود. هجوم نیروهای امنیتی به این دانشگاه و دشوار کردن ادامه مسیر تحصیل دانشجویان بهایی از این جهت است که تلاشهای فراوان جمهوری اسلامی برای عقب ماندگی فرهنگی جامعه بهایی ایران بی ثمر مانده و اینک بسیاری از دانشگاههای معتبر دنیا این دانشگاه و دانشجویانش را می پذیرند. دانشجویان این دانشگاه با وجود عدم دریافت مدرک، در ایران به خدمت به مرز و بوم خویش مشغولند و یا در دانشگاههای سراسر دنیا به ادامه تحصیلات عالیه خویش پرداخته اند. حتی تنی چند از این دانشجویان ، اینک خود اساتید دانشگاههای معتبر دنیا شده اند.
